Okres historyczny Egiptu rozpoczął się na przełomie trzeciego i czwartego tysiąclecia przed narodzeniem Chrystusa. Starożytna tradycja kulturowa, ulegająca wpływom najeźdźców i przewrotom wewnętrznym, trwała do przyjęcia chrześcijaństwa w IV wieku naszej ery. Przez prawie trzy i pół tysiąca lat lista i funkcje egipskich bogów ulegały znaczącym zmianom. Egipscy bogowie nabyli cechy i imiona charakterystyczne dla swoich sąsiadów – Asyryjczyków, Hetytów, Hyksosów, Hellenów.
Po zjednoczeniu Egiptu pod rządami jednego władcy wielu bogów poszczególnych regionów i plemion kraju weszło do wspólnego panteonu, ale większość z nich była czczona tylko w środowisku, z którego powstał ich kult. Niektórzy bogowie stopniowo nabierali wspólnego egipskiego znaczenia. Bogini Bastet, która ma głowę kota, bez wątpienia wyrosła z kultu czczenia kotów jako strażników rezerw zboża od myszy. Rolnictwo odegrało ogromną rolę w Egipcierola, w przeciwieństwie do np. Hellady, która wzrosła głównie dzięki handlowi i podbojom militarnym. Antropomorficzni bogowie egipscy często byli obdarzeni głową zwierzęcia, na podstawie którego kultu powstał ten lub inny kult. Na przykład bóg Thoth miał głowę ibisa, bogini Sokhmet (Sekhmet) miała głowę lwa, Anubis miał głowę psa.
Gdy niektóre obszary kraju wzrosły, nastąpiła zmiana dynastii lub „przeniesienie” stolicy w nowe miejsce, zmienili się również egipscy bogowie „pierwszego rzutu”. Ciekawą cechą religii starożytnego Egiptu była obecność dużej liczby mitów kosmogonicznych (czyli wersji pochodzenia świata), a w każdej miejscowości główną rolę w tej trudnej sprawie odgrywało miejscowe bóstwo.
Bogowie egipscy w tak dużej liczbie, stając się bez wątpienia podstawą lokalnego separatyzmu, nie byli potrzebni żadnemu krajowi. Ponadto liczne kulty wymagały wydatkowania dużej ilości zasobów materialnych, które można było wydać ze znacznie większą korzyścią na wewnętrzny układ kraju, utrzymanie armii i tak dalej. A mając wielkie bogactwa i wpływy, klany kapłańskie bezpośrednio zagrażały wyłącznej władzy faraona.
Biorąc wszystko pod uwagę, faraon Amenhotep IV, przyjmując imię Echnaton, wprowadza kult pomniejszego regionalnego bóstwa Atona (deifikowany dysk słoneczny) jako powszechną religię egipską. Ale inercja tradycji była zbyt silna i Echnaton umiera przed osiągnięciem wieku czterdziestu lat. Według najbardziej przekonującej wersji byłzatruty. To prawda, że prześladowania nie dotknęły rodziny, a jego żona (słynna Nefertiti) pozostała przy życiu wiele lat po śmierci męża.
Po przejęciu kraju przez Persów, a później Greków, egipscy bogowie i boginie stopniowo zaczynają tracić swoje dawne wpływy i podupadają. Łączą się z bogami najeźdźców. Na przykład Aleksander Wielki był czczony w Egipcie jako syn Zeusa-Amona, synkretycznego bóstwa egipsko-hellenistycznego.
Kiedy egipscy bogowie, których imiona miały zarówno lokalne, jak i mieszane pochodzenie, zaczęli ustępować miejsca nowej religii - chrześcijaństwu, stopniowo zaczęło się zapomnienie starożytnego egipskiego pisma. Za panowania cesarza Konstantyna zmarł ostatni nosiciel egipskiej tradycji religijnej, po czym przez wiele stuleci imiona starożytnych egipskich bogów znane były jedynie z pism greckich i rzymskich historyków. Ale oboje zapoznali się z kulturą egipską w czasie, gdy ona już zanikała i jest mało prawdopodobne, aby kapłani wtajemniczali obcych (często agresywnych) w sekrety ich religii.
Próby rozszyfrowania starożytnych hieroglifów były wielokrotnie podejmowane zarówno przez arabskich naukowców, jak i Europejczyków, ale bezskutecznie. I dopiero na początku XIX wieku genialnemu językoznawcy Francois Champollion udało się znaleźć klucz do rozszyfrowania tekstów egipskich. Od tego momentu rozpoczęła się nowoczesna era studiowania historii i kultury starożytnego Egiptu.
